وارد کردن داده در نرم افزار اویتو

برای لود کردن یک فایل شبیه سازی در نرم افزار اویتو از سیستم خودتون، ار منوی File گزینه زیر منوی Load File رو انتخاب کنید. می تونید از کلیدهای ترکیبی CTRL+l هم استفاده کنید. خود اویتو می تونه به صورت خودکار فرمت فایل هایی رو که می تونه بشناسه و بخونه رو پیدا میکنه. در ادامه مطالب در همین بخش جدول فرمت ها رو براتون میذاریم. فایل های متنی فشرده شده با پسوند gz. مستقیما از طرف اویتو خونده میشه. وقتی شما گزینه لود فایل رو انتخاب میکنید برای شما کادری باز میشه که میتونید فایل داده خودتون رو پیدا کنید و انتخاب کنید و بعد گزینه open رو کلیک کنید یا روی همون فایل خودتون دابل کلیک کنید.

بعد میتونید در محیط اویتو شکل و تصویر نمایشی از داده های خودتون رو ببینید که در نماهای مختلف در محیط نرم افزار نمایش داده میشه. حتی شما می تونید فایل جدید دیگه رو از یه منبع دیگه وارد کنید و یا با این داده هایی که وارد کردین جایگزین کنید. نگران نباشید تمامی داده های شما در همون مرجع اصلی یا همون مکانی که در ابتدا بوده می مونه. پنل مربوط به External File، که تصویرش در زیر هست، شامل تولباری با یک سری دکمه های فرمان هست. سوئیچ کردن یا رفتن به یک فایل ورودی دیگه اگه شما یه تصویر سازی رو یا یک دنباله فیلتر کردن داده ها رو تنظیم کرده باشید و حالا بخواین که اونو در یک دیتا ست (مجموعه داده ها)  شبیه سازی متفاوت مجددا استفاده کنید، مفیده.

توالی شبیه سازی

اویتو میتونه مسیرهای شبیه سازی متحرک رو لود کنه و نمایش بده. برای این کار می تونیم بگیم که حالات زیر رو پشتیبانی میکنه:

سریِ فایل ها، هر کدوم شامل یک فریم:

این حالت پیش فرض خود اویتو هستش. برنامه به صورت خودکار تلاش میکنه که دنباله و توالی فایل هایی که شما وارد کردین رو در یک فهرست با جستجوی فایل های دیگه که نامی مشابه با چیزی که شما انتخاب کردید رو تشخیص بده و بشناسه. برای این کار اویتو میاد آخرین شماره رو (اگه باشه) در فایل نیم (نام فایل) با کاراکتر * برای تولید یک الگوی جستجو جایگزین میکنه و فایل های دیگه رو در همون فهرست که متعلق به سری های زمانی هست پیدا میکنه. برای مثال، اگه شما فایل anim1c_5000.dump رو در اویتو لود کنید، اویتو یک الگوی جست و جوی anim1c_*.dump رو تولید میکنه تا همه فریم های منطبق رو پیدا کنه (برای مثال: anim1c_0.dumpanim1c_1000.dumpanim1c_2000.dump,…). البته اینکه بتونیم به صورت دستی هم الگوی جست و جو رو تغییر بدیم هست البته اگه اون چیزی که اویتو تولید کرده بود منطبق نباشه. (در تصویر میبینید.)

یک فایل شامل چندین فریم:

فرمت های LAMMPS dump و فایل XYZ  میتونن چندین گام زمانی شبیه سازی رو در یک فایل ذخیره کنن. به صورت پیش فرض، اویتو اولین فریم از فایل رو برای صرفه جویی در زمان لود میکنه. حالا شما باید صریحا به اویتو بگین که به جستجوی فریم های اضافی با چک کردن File contains time series (فایلی که شامل سری زمانی هست) بپردازه (توی شکل مشخص شده یعنی باید تیک چک باکس رو بزنید.) اویتو بعد از این کل فایل رو برای پیدا کردن همه فریم های شبیه سازی اسکن می کنه.

مجموعه فایل ها، هر کدوم شامل چندین فریم:

برای اینکه چند فایل رو لود کنیم، که هر کدوم از اونا هم خودشون شامل چندین فریم شبیه سازی هستن، این مراحل رو دنبال کنید: اولین فایل رو از مسیری که در اون قرار داره لود کنید. بعد تیک گزینه File contains time series رو فعال کنید. در نهایت الگوی فایل رو به صورتی که شامل کاراکتر ‘*’ باشه ویرایش کنید تا به اویتو این اجازه رو بدین که همه فایل های منطبق دیگه که در فهرست هست رو پیدا کنه (در بالا نمونه ش رو گفتیم).

فایل های توپولوژی (مکان شناسی) و مسریابی جداگانه:

بعضی از کدهای شبیه سازی MD با فایل های توپولوژی و مسیریابی جداگانه کار میکنن. فایل توپولوژی شامل تعریف های استاتیک اتمها، انواع، پیوندها و … میشه، در حالی که فایل های مسیریابی شامل مسیرهای حرکتی محاسبه شده با کدهای شبیه سازی هست. در این مورد، اول فایل مربوط به توپولوژی رو در اویتو لود کنید (برای مثال یک فایل داده LAMMPS ). بعد از اون از بخش Add modofications از لیستی که باز میشه گزینه Load trajectory رو انتخاب کنید تا مجموعه داده ها رو برای موقعیت های اتمی وابسته به زمان از فایل مسیریابی لود کنه.  بعد از اون از قسمت Trojectory Source: External file، بر روی آیکون اول از سمت چپ کلیک کنید و فایل مورد نظر خودتون رو لود کنید (برای مثال یک فایل LAMMPS dump)

اویتو یک تایم لاین (خط زمانی) و یک کنترل کننده اسلایدر رو در پایین پنجره اصلی محیط ویژوآل وقتی که ما دنباله شبیه سازی خودمون (همون داده ها) رو لود می کنیم نمایش میده که شما به راحتی میتونید به صورت دستی بین فریم ها جا به جا بشید. توجه کنید که اویتو فقط فریم شبیه سازی شده فعلی رو در حافظه لود میکنه تا از به اتمام رسیدن حافظه در مورد مجموعه داده های بزرگ و/یا میسیرهای طولانی جلوگیری کنه.

 

وارد کردن فایل ها از کامیپوترهای در فاصله دور

اویتو با یک سرویس گیرنده درون ساخته SSH برای دسترسی مستقیم به فایل های موجود در دستگاه های در فاصله دور همراه هست. این قابلیت وقتی که با داده های شبیه سازی ذخیره شده روی کلاسترهای HPC راه دور کار میشه مفیده و شما رو از انتقال داده ها در ابتدا به کامپیوتر دستکتاپ محلی خود نجات میده. برای باز کردن یک فایل شبیه سازی در دستگاه راه دور این مسیر رو از منوی File انتخاب کنید: File → Load Remote File.

اویتور در حال حاضر به شما این اجازه رو نمیده که به فهرست های ماشین راه دور دسترسی داشته باشید. یعنی شما باید مستقیما مسیر کامل رو به یک فایل راه دور به صورت یک آدرس URL مشخص کنید، مثل فرم زیر: 

sftp://user@hostname/path/filename

که در اینجا sftp:// پروتکل دسترسی امن به فایل هست (Secure File Transfer Protocol)، بعد از اون user نام ورودی یا همون نام کاربری SSH روی دستگاه راه دور هست، hostname نام ماشین راه دور هست و /path/filename فایل شبیه سازی برای وارد کردن در دستگاه هست. این امکان هم وجود داره که یک شماره  پورت غیر استاندارد روبا اضافه کردن: portnumber  به  hostname مشخص کنید.

وقتی که اویتو به ماشین راه دور متصل شد، از شما در مورد پسورد سوال میکنه، وقتی که اتصال برقرار شد، اتصال SSH تا پایان جلسه برنامه روشن نگه داشته میشه. اویتو قبل از خوندن داده ها ، یک کپی موقت از یک فایل راه دور رو روی رایانه محلی تهیه می کنه تا دسترسی های بعدی به فریم های شبیه سازی را تسریع کنه. کپی های فایل محلی تا پایان جلسه برنامه یا زمانی که شما Reload رو در External file panel انتخاب کنید، نگه میداره.

استفاده از خط فرمان

اگر شما OVITO رو از یک ترمینال اجرا می کنید، می تونید مستقیما یک فایل رو برای لود شدن مشخص کنید. این روش هم برای فایل های محلی و هم برای فایل های راه دور کار میکنه:

ovito /path/filename
ovito sftp://hostname/path/filename

فرمت های فایل پشتیبانی شده توسط OVITO

اویتو می تونه مجموعه داده های ذرات رو به فرمت های زیر بخونه

OVITO می تونه مش های مثلث (داده های چند ضلعی) را با فرمت زیر لود کنه:

مطب بعدی:
(نماها)Viewports

ثبت نام در سایت

ارسال جدیدترین مقالات به ایمیل شما

متشکریم از ثبت نام شما

متاسفانه ثبت نام انجام نشد

مطالب مرتبط

پاسخی بگذارید

ثبت نام در سایت

ارسال جدیدترین مقالات به ایمیل شما

متشکریم از ثبت نام شما

متاسفانه ثبت نام انجام نشد